Les établissements pénitentiaires de l'arrondissement d'Auxerre sont regroupés en un lieu unique, divisé en plusieurs maisons. La maison d’arrêt, dans laquelle sont écroués des prisonniers en attente de jugement, la maison de correction, qui incarcére les prisonniers jugés par le tribunal correctionnel et la maison de justice, établissement unique dans le département, dans lequel les condamnés pour crime effectuent leurs peines.